#!/bin/sh -e

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#   Description:
#       
#   History:
#   Date        Name        Modification
#   2022-03     Jason Bacon Begin
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usage()
{
    printf "Usage: $0 [ms-stack.py flags] adjacent-genes max-nt gene-list.txt\n"
    ms-stack.py --help
    exit 1
}


##########################################################################
#   Main
##########################################################################

if [ $# -lt 3 ]; then
    usage
fi

while [ $(echo $1 | cut -c 1,1) = '-' ]; do
    flags="$flags $1"
    shift
done

adjacent_genes=$1
max_nt=$2
gene_file="$3"

for gene in $(cat $gene_file | cut -d '|' -f 1); do
    # Each line in gene_file may contain alternates such as isl2b|isl2
    ms-stack $flags $adjacent_genes $max_nt $gene_file $gene
done
